Genus monotipik dalam subkeluarga Babyrousinae, atau secara alternatif dianggap membentuk suku, Babyrousini, dari subkeluarga Suinae. Sehingga kini, hanya satu tengkorak fosil yang ditemukan menunjukkan nenek moyang yang lebih besar.[6]

Semua anggota genus dianggap sebagai bahagian dari satu spesies, babirusa atau babi rusa, B. babyrussa . Mereka dibagi menjadi beberapa spesies, nama ilmiah ini terbatas pada Buru babirusa dari Buru dan Kepulauan Sula, sedangkan spesies yang paling terkenal, babirusa Sulawesi utara, diberi nama B. celebensis.[3] Perpecahan yang menggunakan konsep spesies filogenetik, didasarkan pada perbezaan ukuran, jumlah rambut pada badan dan ekor punggung, dan ukuran tengkorak dan gigi.

Spesies

• Babirusa buru (B. babyrussa), juga dikenal sebagai babirusa berbulu atau keemasan
• Babirusa Bola Batu (B. bolabatuensis), spesies yang dicadangkan
• Babirusa Sulawesi Utara (B. celebensis), juga dikenal sebagai babirusa Sulawesi
• Babirusa Togia (B. togeanensis)

B. babyrussa beruensis digambarkan sebagai subspesies Pleistosen yang sudah pupus dari Sulawesi barat daya sebelum babirusa dibahagikan kepada beberapa spesies.